Cada 24 de septiembre la veneración de La Mercedes atrae multitudes al limitado espacio del Cerro. Según estudiosos de la historia, los orígenes de la iglesia se remontan al año 1495, cuando Cristóbal Colón construyó el fuerte de la Concepción de La Vega, con el objetivo de cuidar la ruta a los depósitos de oro en el interior del valle del Cibao.

Y allí, en una pequeña ermita elevada en la misma área donde hoy surge la parroquia Santuario del Santo Cerro, fue celebrada la primera eucaristía el 6 de noviembre del mismo año 1495, así como los primeros bautizos de indígenas taínos que marcaron el inicio del catolicismo en estas tierras.

Además, alrededor de la fortaleza y su pequeña iglesia surgió un poblado español con el nombre de Concepción de La Vega. Después del 1508, cuando se encontraron grandes cantidades de oro en sus inmediaciones, se convirtió en la primera ciudad próspera de las Américas. La Vega Vieja fue destruida y sepultada por un terremoto en 1562. Los sobrevivientes se trasladaron a pocos kilómetros, en el lugar de la actual ciudad de La Vega.

La feligresía siguió frecuentando la pequeña ermita hasta que en el año 1880 se empezó a construir el Santuario.